کتاب «اشارات و تنبیهات» ابن سینا چشمه زلال و جوشانی است در فلسفه و حکمت مشاء، این کتاب با ویژگی های خاص خود نظیر مشتمل بودن بر مباحث منطق و طبیعیات و الهیات و تصوف، ترتیب منطقی بین مباحث، عبارات دقیق و موجز و مشتمل بودن بر آخرین نظریات ابن سینا سبب شد که علماء به تدریس و شرح و ترجمه و حاشیه زدن بر این کتاب روی بیاورند.
فخر رازی بر این کتاب شرح نوشت و به نقد آراء ابن سینا پرداخت. سپس خواجه نصیر الدین طوسی به دفاع از ابن سینا پرداخت و اشکالات فخر رازی را جواب داد و قطب الدین رازی به داوری بین فخر رازی و خواجه نصیر و محاکمه بین آنان پرداخت و لذا به صاحب محاکمات مشهور شد باغنوی شیرازی هم حاشیه بر محاکمات نوشت.
آقا حسین خوانساری از حکماء و فقهاء شیعه ضمن تدریس این کتاب حاشیه‌ای بر آن نوشت و متن اشارات از ابن سینا و شرح خواجه و محاکمات قطب الدین رازی و حاشیه باغنوی بر محاکمات را حاشیه زد و بیشترین حاشیه ایشان مربوط به حاشیه بر باغنوی است. این حواشی تا اواسط نمط هشتم اشارات ادامه دارد.
آقا جمال الدین خوانساری فرزند آقا حسین خوانساری نیز بر حاشیه های پدر حاشیه زده است گرچه حواشی آقا جمال نسبت به حواشی پدر کمتر است ولی دقت و تبحر ایشان در فلسفه از پدرشان بیشتر بوده است.